A szombaton reggel hét órakor kezdődött és várhatóan este tízig tartó szavazáson a szlovákiai választók voksaikat arra a két jelöltre adhatják le, akik a két héttel ezelőtti 48,74 százalékos választói részvétel mellett tartott első fordulóból továbbjutottak. Az ellenzéki liberálisok jelöltjére, Zuzana Caputovára, aki az első körben a szavazatok 40,57 százalékát szerezte meg, vagy Maros Sefcovicra, aki a legerősebb kormánypárt, az Irány (Smer-SD) jelöltjeként a szavazatok 18,66 százalékát kapta az első körben.
A szavazáson megközelítőleg 4,45 millió szlovákiai választópolgár vehet részt - a különösen súlyos bűncselekmények elkövetőinek kivételével az elítéltek is. A szlovákiai álladó lakhellyel rendelkező szlovák állampolgárok személyazonossági igazolványuk bemutatása alapján, a külföldön élők pedig útlevelük, illetve a külföldi lakhelyüket igazoló okmány bemutatásával. A parlamenti választásoktól eltérően, amelynek során levélben is lehet szavazni, az államfőválasztáson csak az ország területén lévő választóhelyiségekben lehet voksolni.
A szlovák államfőt a hatályos jogszabályok szerint 5 évre választják, jogkörei meglehetősen korlátozottak. A jelenlegi államfő, Andrej Kiska mandátuma június 15-én jár le. Kiskának a 2014-es államfőválasztás második körében, az első kör győztesével, Robert Ficoval szemben sikerült nyernie.
A csütörtökön reggel életbe lépett kampánycsend értelmében a voksolás idején részvételi részeredményeket és új támogatottsági felméréseket sem lehet nyilvánosságra hozni. Az információs moratórium az urnazárásig tart. Az első részeredményeket a szavazóhelyiségek bezárását követően hozzák nyilvánosságra, a nem hivatalos végeredmény hajnalban, a hivatalos végeredmény vasárnap délben várható.